En la temporada 2007-08 , dio la asistencia a Robben para que empatase y marcó el gol que culminó la remontada de su equipo frente al Osasuna (1-2), que permitió al Real Madrid proclamarse matemáticamente campeón de Liga por segundo año consecutivo. Pero esto no bastó, e Higuaín volvió al banquillo cuatro días después en el clásico, en el cual el FC Barcelona realizó el pasillo al Madrid por lograr el campeonato prematuramente y donde el jugador argentino anotó el tercer gol, saliendo en la segunda mitad del partido.
En la temporada 2008-09 se le presentó la oportunidad de ser titular debido a la grave lesión que sufrió el delantero holandés Ruud van Nistelrooy, pero no en la misma posición de delantero de área ("9 de área"), sino un poco más retrasado. Gracias a esto da a conocer su gran calidad de juego y es clave en el equipo, convirtiéndose así en uno de los revulsivos del equipo en los encuentros ligueros. Esa campaña, el delantero se consagró como una de las grandes promesas del fútbol mundial a raíz de partidos espectaculares, como el encuentro disputado el 8 de noviembre de 2008 en el que marcó 4 goles a un gran Málaga CF, dándole la victoria a su equipo por 4-3 en el Santiago Bernabéu.
El 2 de enero del 2011, se confirma que Gonzalo Higuaín estará de baja durante 6 meses, debido a una hernia discal en la que debe someterse a una operación, perdiendo el resto de la temporada con el Real Madrid. Sin embargo, reaparece el 2 de abril del 2011, algún tiempo antes de lo previsto, en la derrota del Real Madrid ante el Sporting por 0-1.
El 2 de Octubre de 2011 Higuain vuelve a la titularidad y marca un Hat-Trick contra el RCD Espanyol.
